Robert,
dat helpt inderdaad! En het mooie is dat als ik daarna de service weer installeer, en de service weer onder de domain admin account draai (was daarvoor ook het geval), dat het blijft werken! Tenminste: ik kan de config benaderen en aanpassen. Ik zit dit remote te doen dus ik heb nog geen device kunnen koppelen, maar het lijkt er op dat het nu werkt.
Dus even de stappen (waarbij ik er vanuit ga dat je de alphatronics plugin al hebt "geinstalleerd" door alle files en folders naar de juiste plek in de %programdir%/Homeseer folder te kopieren):
1) start de homeseer executable op als administrator (rechts klikken en run as admin kiezen!), zodat je de gebruikersinterface te zien krijgt; hierin staat aangegeven dat HS als een service draait
2) controleer in je computer management console of de service onder de system account draait of onder een andere account; noteer in het laatste geval welke account dit is, en zorg dat je weet wat het password is
3) kies in het menu van deze interface "service", en daarna "remove service"
4) sluit hierna de HS interface/console af
5) controleer in je taskmanager of het "homeseerservice" proces ook echt is afgesloten, dit kan 1 of 2 minuten duren. Wacht dit af, kill niet het proces.
6) start de homeseer executable weer op als administrator, wacht tot alles is gestart (duurt ook weer even).
7) start een browser en ga naar de homeseer management pagina; controleer of je onder het kopje "plug-ins" de Alphatronics plugin hebt staan.

start de Alphatronics plugin op, als het goed is moet het nu foutloos gaan
9) als alles goed werkt, installeer dan in de homeseer interface/console de service, kies in het menu "service" voor "install service" (duh)
10) Stop hierna de homeseer interface/console door vanuit het menu exit te kiezen (niet het kruisje van het window gebruiken, executable blijft dan draaien)
11) check weer in taskmanager of het proces homeseer.exe stopt, dit kan ook weer 1 of 2 minuten duren
12) controleer of de homeseer service bij je services staat (in de computer management console); indien de service voorheen onder een andere account liept dan system, zorg er dan voor dat dit weer het geval is (anders draaien mogelijk scripts of andere plugins niet)
13) check of de plugin vanuit de HS webinterface te configureren is.
bij mij werkte dit, geen garanties uiteraard. Blijkbaar schrijft de plugin ergens iets weg in een file of registry waar je niet bij mag als je HS als een service draait, zelfs al draait deze (zoals in mijn geval) onder de domain admin account.
Succes!
En Robert bedankt voor de tip.